學術文獻自動化：快速將引用文獻匯入EndNote的高效方法

探索如何運用文獻管理軟體、API、自動化腳本，將學術文獻資料快速匯入EndNote。了解Semantic Scholar API、Zotero插件等工具，加速引用文獻的自動化流程，提高文獻管理效率。 

我現在在編輯學術文獻時覺得很費時，有更方便的方式可以抓取我讀的review文獻中的資料到資料庫裡嗎？

是的，有一些工具和方法可以幫助更便捷地將學術文獻資料提取到資料庫中，以下是幾個可行的選項：

1. 使用文獻管理軟體

例如，EndNote、Zotero、Mendeley 等文獻管理軟體可以幫助管理和組織文獻，並提供自動提取摘要、作者資訊、註釋和高亮等功能。這些工具使得查找和提取所需資料更加便捷，並可直接匯入到資料庫中。

2. 語義文本分析工具

Python 的自然語言處理（NLP）庫如 spaCy、NLTK、gensim 等，能自動擷取文獻的關鍵字和重點句，將摘要和結論自動匯入資料庫。這些工具可根據指定主題和關鍵字提取所需內容，大幅節省時間。

3. PDF提取工具和API

工具如 Adobe PDF Extract API 可以從PDF文件中提取文字、表格和圖像數據，轉換為結構化的數據格式，便於儲存到資料庫中。可以設定自動化腳本，使每次讀取新文獻時自動提取並儲存相關內容。

4. AI摘要生成工具

ChatGPT、Semantic Scholar API 等AI工具可以自動生成文獻摘要。例如，Semantic Scholar API 提供的資訊包括主要概念和關鍵字，且支援生成JSON格式數據，可直接匯入資料庫中。

5. 自動化數據庫建構

考慮使用 SQL、MongoDB 或 Elasticsearch 來構建資料庫，並將從文獻中提取的重點數據（如研究結論、數據表、參考文獻）以結構化方式儲存。這樣能更系統化地管理資料，並可進行快速查詢與引用。

可以幫我介紹一下 "Semantic Scholar API" 以及它怎麼運作嗎？

Semantic Scholar API 是 Allen Institute for AI 開發的工具，用於查找和提取學術文獻中的關鍵數據，並針對主題分析、引用數量和影響力評估進行優化。這個API特別適合研究人員和開發者，用於學術數據提取和查詢。

主要功能

Semantic Scholar API 提供：

• 文獻查找與資料提取：支援關鍵字、作者等條件檢索文獻，並返回摘要、主題、關鍵字等資訊。

• 引用分析：提取指定文獻的引用數據，了解研究影響力。

• 作者資料查詢：查看作者的學術背景、引用次數和影響力指標（如 h-index）。

• 主題趨勢分析：分析特定領域的熱門主題和發展方向。

工作原理

Semantic Scholar API 基於自然語言處理（NLP）技術解析學術文獻，並抽取核心資訊和關鍵字。每次查詢會返回JSON格式的結構化數據，包括：

• 文獻基本信息（標題、摘要、作者）

• 主題與研究領域

• 引用次數和引用列表

註冊 API 金鑰後，可以根據需求構建查詢請求，並提取所需數據儲存或分析。

可以舉一個更具體的例子嗎？

假設正在研究「免疫系統中的網狀胞外陷阱（NETs）」在癌症轉移中的作用，並希望查找某篇文章的摘要、引用數據和主題標籤，以下是使用 Semantic Scholar API 的步驟：

1. 註冊 API Key：從 Semantic Scholar API 官網獲取。

2. 查詢 API 請求：假設要查找的文獻 DOI 為「10.1016/j.cell.2019.01.042」，可以使用 Python 程式進行查詢。

3. 解析 API 回傳結果：取得 JSON 格式的結果後，可將資訊（如標題、摘要、作者、年份、引用數）存入資料庫中。

假設我引用了review中的文獻，我該如何快速將這些文獻匯入 EndNote 資料庫？

若在review中引用了特定文獻（如編號 44、56、80），可考慮以下方法快速導入 EndNote：

• 使用 Semantic Scholar API 或 Google Scholar 查找引用文獻：找到目標文獻後，下載BibTeX格式文件並匯入EndNote。

• Web of Science 或 PubMed 匯入：在 Web of Science 或 PubMed 中查找，匯出為 EndNote Desktop 格式並匯入。

• Zotero 輔助批量匯入：使用 Zotero 的插件快速抓取文獻資訊，再批量匯出至 EndNote。

• 手動添加 DOIs：EndNote 支援使用 DOI 匯入，將 DOIs 粘貼至新文獻中，EndNote 會自動提取相關資訊。

有沒有更快速的方法可以完全自動化這個過程？

若希望完全自動化，可以考慮以下方法：

1. 利用 Python 編寫批量 DOI 匯入腳本：撰寫腳本自動提取DOIs，透過CrossRef API或Semantic Scholar API下載BibTeX，批量匯入EndNote。

2. Zotero 與插件組合：Zotero 與 Better BibTeX 和 ZotFile 插件可以自動監控文件夾，並自動同步文獻。

3. Zapier 或 Make.com 自動化工作流：透過這些工具可連結 Semantic Scholar 或 Google Scholar，自動匯入引文至 EndNote。

4. 使用學術文獻下載軟體：ResearchRabbit 或 ReadCube 可以批量下載引用文獻，並匯出 BibTeX 文件匯入 EndNote。

這些方法可在大量文獻匯入過程中減少手動操作，顯著提高效率。